清華目前面臨的問題有如下幾方面︰

學生方面︰

1. 一般而言，寫作及組織思考等能力日益低落，無法寫出完整、有條理的文章；提升學生寫作能力刻不容緩。
2. 人文社會主修的學生普遍缺乏自然科學的知識，程度停留在國、高中階段，宜提昇至大一程度。
3. 敬業精神不佳，上課多姍姍來遲。課餘時間則多在宿舍裡上網。
4. 清大學生的國際經驗不足，參與能力較弱，反應也較冷淡。

教師方面︰

1. 部份兼任教師的學識深度不足以應付課程所需，有時造成學生出席率過低。甚至兩者互為因果，形成惡性循環。
2. 多數教師從未教過本系以外的學生，並不了 解如何教授或準備一門通識課。
3. 有些教師對自己的教學效果缺乏敏感度。
4. 導師制度缺乏評鑑，且缺乏師生互動之足夠誘因，致使不易落實如歐美名校一樣的導師制。

課程及體制方面︰

1. 清華因長久以來被定位為研究型大學，故對大學部教育較為忽視，好的大學其實每隔一段時間就會重新檢討一次課程。
2. 人社院某些系所對通識課程的參與較少，許多課程是由兼任教師所上，理工科系教師對通識課程貢獻極少；此外，理工科系裡有些基礎課程也不是由正式教師來上，很多很好的課程卻不是由很好的老師來教，不利課程品質。
3. 大二、大三後太注重自己本科專業，教科書又太艱深，基礎課程太薄弱。建議針對核心基礎課程設立小組共同設計課程，程度設計的淺顯一點還可推廣至人社院、科管院變成通識課程。
4. 建議開設工程導論課程介紹工學院每個系所的課程，讓工學院學生選修課程有所依據，人社科管等學生也可對理工科增加了解。
5. 國際競爭遠比島內競爭激烈，清華應進行體制上的改革，由從前的系所至上轉型為重視college的地位，讓通識教育的內涵從只有狹義的課程面豐富化為亦包含學生的校園生活等面向的廣義內容，才能真正產生深遠的效果。
6. 如體制上意欲有所變革，則有必要增加professional staff。

因此清華大學成立Task Force on Undergraduate Education，下設Tsing Hua College、通識教育、基礎必修課程三個委員會，共同規劃大學部教育改革，將分別針對「學生」及「教師」方面的問題作長遠性的規劃與改革。